（一）本罪与非罪的界限
根据本条规定，非法持有毒品数量达到一定数量才构成犯罪，如果数量少，情节显著轻微，危害不大的，不认为是犯罪。所谓“其他毒品数量较大的”是指除鸦片、海洛因或者甲基苯丙胺以外的毒品，其含量已达到了鸦片、海洛因或者甲基苯丙胺的定罪数量标准。对非法持有毒品的数量未达到上述标准的，不以犯罪论处。
（二）本罪与走私、贩卖、运输、制造毒品罪及窝藏毒品罪的界限
行为人实施走私、贩卖、运输、制造、窝藏毒品的行为都是以非法持有为前提的。在司法实践中，有证据能够证实已构成走私、贩卖、运输、制造、窝藏毒品罪中的任何一种罪，即以该罪论处，而不应再定非法持有毒品罪。在犯罪分子拒不供认，又无证据认定构成走私、贩卖、运输、制造、窝藏毒品罪中任何一种罪的情况下，才能认定其构成非法持有毒品罪。另外，还须注意的是，构成非法持有毒品罪有法定的数量标准，达不到法定标准的只能按违法处理。然而构成走私、贩卖、运输、制造、窝藏毒品罪只要有行为即构成犯罪，无需毒品数量达到较大。
（三）本罪与盗窃、抢夺、抢劫罪的界限
行为人在实施盗窃、抢夺、抢劫他人财物时附带获取毒品的，如果在来不及清理赃物或不知犯罪所得中有毒品的，应按盗窃罪或抢夺罪或抢劫罪定罪处罚；如果明知获取的赃物中有毒品而非法持有的，应按盗窃罪或抢夺罪或抢劫罪和非法持有毒品罪实行数罪并罚。如果事先明知他人有毒品，而实施盗窃、抢夺、抢劫行为得手后又非法持有的，应以非法持有毒品罪认定。总之，根据其法律特征划清一罪与数罪的界限。
