证据制度是诉讼的核心问题，在行政诉讼中也不例外，鉴于行政行为的先定性，法律确定了以行政机关承担举证责任的原则，但《最高人民法院关于审理行政赔偿案件若干问题的规定》[法发(1997)10号]第三十二条规定，“原告在行政赔偿诉讼中对自己的主张承担举证责任，被告有权提供不予赔偿或者减少赔偿数额方面的证据。”此条款确定“谁主张谁举证”原则与行政诉讼法确定的行政机关承担举证责任的原则存在矛盾和冲突，加重了相对人的举证责任，导致在诉讼中双方对抗的失衡。笔者认为举证责任的分配是关系到诉讼程序公正与科学的关键因素，由于国家赔偿制度发端于民事赔偿制度，诸多的诉讼原则和具体规则，如归责原则、举证责任分配等都与民事赔偿诉讼一脉相承，但是行政赔偿诉讼作为行政诉讼之一种，特别是行政不作为违法作为一类特殊的行政侵权行为，单纯地确定以行政机关举证或相对人举证都未免失之偏颇，应具体结合相对人主张的事由和司法应予审查的内容决定行政主体与相对人的举证责任。
一般而言，相对人对行政不作为提起行政赔偿诉讼主张的事实包括程序性事实和实体性事实。程序性事实有：赔偿义务机关已先行处理和超过法定期限不予处理的事实和相对人系在法定期限内主张权利的事实，程序性事实的存在是人民法院行政赔偿案件受案的先决条件，同时也是人民法院立案审查的主要内容，故程序性事实的存在是相对人的起诉能否被法院受理的关键，主张该事实成立的举证责任应由相对人承担。实体性事实有：①行政主体所负有的行政作为义务;②行政主体不作为的事实;③相对人合法权益受到损害的事实及其程度;④行政主体不作为与相对人损害后果存在因果关系的事实。由于确认行政行为违法是行政主体承担国家赔偿责任的前提，在行政诉讼中，人民法院审理的主要内容也就是具体行政行为的合法性，也即司法审查的重点是行政不作为是否违法，对此依照行政行政诉讼的一般原理由行政主体承担其行政不作为非违法性的举证责任当属应由之义。
但是因为行政不作为的消极性，其主观上表现为行政主体对其行使职权的放弃，客观上表现为拒不履行或拖延履行所承担的义务，故对其应作为而不作为的事实以及损害后果，相对人有责任予以证明，否则法院无从审查，相对人证据不足或就此要求行政主体举证，就不能达到保护相对人合法权益的目的。具体而言，在依申请的行政不作为案件中，相对人必须就其提出过申请的事实进行举证，在依职权的行政不作为案件中;相对人应就请求过保护其人身权、财产权或行政主体已发现自己需要实施救助义务的事实进行举证;在不履行行政合同的行政案件中，相对人应就行政合同的成立进行举证;在不履行基于行政主体的自身行为所派生的行政义务的行政案件中，相对人应对行政主体的前一行为已然存在进行举证。除此之外，则应由行政主体就其是否负有行政义务，是否已经作为，相对人的损害是由其他原因造成的，与其行政不作为不存在因果关系以及是否存在因客观因素导致行政主体不能行为等免责事由承担举证责任。
