1、建设资本金准备不足。
以房地产业为例，部分开发商实际上很少准备足额的自有资金。一般只准备前期部分资金，其余建设资金来自两个方面：一方面是银行融资;另一方面是收取业主的预付款。无论是银行融资，还是收取预售房款，都不一定能保证建设资金及时支付。因为开发商融资能否成功要受国家信贷政策的制约，而预售款的收取受房地产市场大局及该项目设计及宣传力度的影响。任何一个环节资金链的断开都将影响开发商的支付能力，从而引发工程款的结算纠纷。
2、建设工程发包过程中违法行为。
建设工程发包过程中影响结算的违法行为有如下几种情况：一是建设工程招投标程序中的违法行为，对参与投标的施工单位的资质疏于把关，让无相应资质的承包方以挂靠方式通过资格预审。二是招投标程序中的串标、泄露标底的行为，导致建设工程款被人为抬高或者压低，工程竣工时发生显失公平之争。
3、缺乏有效的诚信机制。
非诚信行为是建设工程领域最大的危害。而法律的缺陷与软弱又助长了该领域的非诚信之风。非诚信引发的结算纠纷表现在发包方在竣工验收、工程决算及5%尾款支付甚至毫无根据的拖欠等方面制造人为纠纷。
4、买方市场下，建设工程发包方滥用市场优势，合同双方权利失衡。
市场经济条件下，竞争日趋激烈。建筑行业也不例外，始终处于僧多粥少的买方市场状态。正因为如此，许多发包方企图从买方市场中获取非正常利益。表现在对工程承包方提出不合理的要求，承包方尽管知道不合理，为了市场生存也只得接受。
5、法制缺陷留下造成逃废工程款的漏洞。
由于项目公司属独立法人，按照公司法精神，项目公司股东即开发商与投资商仅在注册资金范围内对项目公司的债权债务承担责任，也就是说只要项目公司注册资金到位，项目公司的股东其实就不必再为项目公司的债权债务承担责任。而项目公司的注册资金远远小于项目投资总额。这一法制缺陷时常被不良开发商利用，以法人有限责任的幌子逃废工程欠款。
