犯罪客体相同。均为国家对毒品的管理制度和人的身体健康。
犯罪主体不完全相同。均为一般主体，但刑事责任年龄的要求不同，构成非法持有毒品罪和运输毒品罪的年龄必须年满16周岁，而贩卖毒品罪则为14周岁。
主观方面，故意的内容不同体，贩卖、运输毒品的目的明确，即将毒品贩卖给他人从中牟利或为了扩散毒品而将毒品进行运输。而非法持有毒品的动机、目的却多种多样，没有限定，既可能是为了吸食、治病，在不能证明具有贩卖、运输等其他毒品犯罪的故意内容的情形下，认定为非法持有。
客观方面，所谓持有，是指行为人对毒品事实上的支配和管领，同时，持有是一种持续行为，时间的长短不影响持有的成立，只作为量刑的情节考虑，但如果时间过短，不足以说明行为人事实上支配和管领毒品时，则不能认定是持有。而贩卖、运输毒品罪客观方面除了这一特征外，还必须有贩卖或为了贩卖而购进、运输毒品的行为特征，这也是三罪的重要区别。此外，非法持有毒品罪还有数量规范，即非法持有的毒品必须达到法定的最低数量才构成犯罪，而贩卖、运输毒品罪均无数量规范，无论数量多少均构成犯罪。
实践中有这样一种情况：从行为人手中查获了较大数量的毒品，虽无证据证明行为人非法持有该被查获的毒品是为了贩卖，但却有证据证明行为人以前曾贩卖过毒品。对非法持有被查获的毒品行为应如何定性？法律和司法解释均没有明确。目前主流的意见是：应作为一个整体看待，由于行为人有贩卖毒品的经历，那么非法持有被查获毒品的行为应视为是为贩卖毒品作准备，是贩卖毒品行为的组成部分，以贩卖毒品罪定罪。实践中一般也是这么做的。如果虽曾贩卖过毒品，但非法持有毒品是为了赠送、自己吸食等非贩卖目的的可能性仍不能排除，因此在这种情况下不能无条件的适用上述观点，关键要看行为人最后一次贩毒距离被查获时间间隔的长短，如果时间间隔过长，不足以说明行为人非法持有毒品是为贩卖作准备时，就宜就低认定为非法持有毒品罪。
如果为贩卖等毒品犯罪同时介绍买卖毒品的上家和下家的，构成贩毒共犯；如果为卖方推销毒品、介绍买主的，不论是否牟利，均构成贩毒罪共犯。可见，成立该罪共犯必须是作为卖方贩毒的居间人，为买方介绍必须基于贩卖的目的，购买者为吸食所需，则不在其列。虽然居间人为吸毒者提供毒源信息、介绍买主的行为客观上促成了贩卖活动的成功，但其主观上并无帮助贩卖毒品的故意，仅为吸毒者购进毒品作消费之需，根据主客观相一致的原则，不构成贩卖毒品罪的共论。当然，居间人的行为无疑具有社会危害性，当吸毒者吸食的毒品数量达到定罪标准，按《纪要》规定以非法持有毒品罪追究时，居间人应以非法持有毒品罪的共犯论处。
